组学交付报告重磅扩容，下游分析全面升级！

亲爱的科研伙伴们，您是否也曾为组学数据解读的深度不足而困扰？是否在拿到差异表达列表后，仍感到“故事还没讲完”，却因预算或周期限制而止步？

过去，我们的交付报告围绕“差异-富集通路-互作网络”展开，为您提供了扎实的基础分析。如今，我们想为您做得更多——2025年的这次重磅升级，我们致力于为您的蛋白数据装上“翻译器”，将冰冷的“差异列表”延展为连贯的“科研故事链”。新增的分析模块让数据自己“开口说话”，帮助您听懂每一个信号背后的“潜台词”。

对您而言，这意味著无需额外的预算、无需等待更长的周期，在报告交付当天，您就能直接获得指向下一步研究的清晰线索与深度洞见。下面，就让我们一同了解本次标准交付报告中全新扩容的核心模块：

01 WGCNA：通过构建蛋白表达的加权相关网络，识别高度协同变化的蛋白模块，并系统揭示这些模块与特定表型或临床特征之间的关联机制

加权基因共表达网络分析（WGCNA, Weighted Gene Co-Expression network Analysis）是用来描述不同样本之间基因关联模式的系统生物学方法。主要用来鉴定高度协同变化的基因集，并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标志物或治疗靶点。相比于只关注差异表达的基因，WGCNA利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析，充分利用了基因的信息。WGCNA本质是基于相关系数的网络分析方法，适用于多样品数据模式。需要提供样本对应的表型数据，一般要求样本数多于15个，样本数多于20个效果更好，样本越多，结果越稳定。

具体扩容方案如下：

1、该更新涉及标准报告范围为常规蛋白定量项目（3组5次重复及以上）；

2、结果文件夹中新增10-WGCNA文件夹，包含：共表达网络构建、模块与表型关联分析、模块hub蛋白分析、模块功能聚类分析；

3、网页版报告在原有的“蛋白互作网络分析”之后新增“WGCNA分析”段落介绍分析结果

图1：WGCNA部分结果展示

02 激酶分析：磷酸化表达水平反映激酶的调控状态，利用富集分析对激酶的活性进行预测，然后基于磷酸激酶与底物之间的调控关系构建激酶调控网络

磷酸化介导的通路动态是细胞信号转导的核心，其平衡决定细胞命运；磷酸激酶通过识别底物保守模体，将ATP等高能供体分子转移至丝/苏/酪氨酸残基，从而梯度式放大或闸门式阻断整条通路的信号强度，最终映射为表型变化。本分析针对磷酸化修饰组学数据，以“位点-激酶”为逻辑主线，首先预测差异磷酸化位点的上游激酶，再根据修饰位点表达量化激酶活性，有助于挖掘“激酶活性-差异位点-富集通路”的潜在调控机制。该算法适用于血浆、组织、类器官等多类型样本，可为靶点验证、耐药机制阐释及磷酸化生物标志物发现提供证据。

具体扩容方案如下：

1、该更新涉及标准报告范围为磷酸化修饰定量项目（2组3次重复及以上），适用物种包括：人、小鼠、大鼠、果蝇、酵母、牛、绵羊、猪、苹果、水稻、拟南芥等；

2、结果文件夹中新增10-Kinase_Analysis_Result文件夹，包含：磷酸化位点上游激酶预测、激酶活性预测、激酶调控网络分析、激酶靶向药物注释（物种人）；

3、网页版报告在原有的“蛋白互作网络分析”之后新增“激酶分析”段落介绍分析结果。

图2：激酶分析部分结果展示

03 泛素酶分析：解析酶-底物互作关系可将差异信号追溯至上游调控源头，还能为后续酶敲除/过表达或点突变阻断互作等实验验证提供候选列表，并揭示E3/DUB与底物共同构成的调控网络以辅助发现潜在药物靶点

蛋白质泛素化(ubiquitination)是真核生物中一个重要的翻译后修饰过程。这一过程在蛋白质的定位、代谢、功能、调节和降解中都起着十分重要的作用。同时，它也参与了细胞周期、增殖、凋亡、分化、转移、基因表达、转录调节、信号传递、损伤修复、炎症免疫等几乎一切生命活动的调控。与大多数蛋白质翻译后修饰一样，泛素化是一个可逆的动态过程，由泛素连接酶(E3)介导的特异性泛素化和去泛素化酶(DUB)介导的去泛素化之间的平衡紧密决定的。动态的泛素化过程与肿瘤、心血管等疾病的发病密切相关。因此，对于泛素化相关底物和酶关系的预测，对于新药的研发和生物学机制研究具有重要作用。

具体扩容方案如下：

1、该更新涉及标准报告范围为泛素化修饰定量项目，适用物种：人、小鼠、大鼠、酵母、牛、马，鸡等39个物种；

2、结果文件夹中新增10-Ubiquitin_Enzymes_and_DUB_Analysis文件夹，包含：泛素酶调控关系预测、泛素酶调控网络分析；

3、网页版报告在原有的“蛋白互作网络分析”之后新增“泛素酶分析”段落介绍分析结果。