【CUT&Tag分析工具上新第二弹】Peak注释+功能富集

上期我们推出了第一批CUT&Tag分析云工具“CUT&Tag信号分布图”与“CUT&Tag富集图”（景杰云平台CUT&Tag分析工具首发：助力表观遗传研究的利器），受到了老师们的关注，有些老师在使用后反馈：

CUT&Tag信号分布图显示我的目标蛋白结合在转录起始位点（TSS）附近，但具体调控哪些基因区域以及各区域占比如何呢？
虽然我可以使用CUT&Tag富集图调整功能富集结果图，可是如果我想重新挑选基因集合进行功能富集怎么做呢？

——答案就在本期新工具，从'看到现象'到'解释机制'，完整解锁CUT&Tag数据的生物学意义！

CUT&Tag注释图：揭示目标蛋白基因结合区域与调控机制

CUT&Tag可精确鉴定蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰）在基因组上的结合位点（Peak），而结合在基因不同区域的目标蛋白，会通过不同的作用机制调控基因表达，Peak的功能性区域注释有助于我们比较不同目标蛋白的调控机制。

在CUT&Tag交付报告中，我们通过R包ChipSeeker对各样本鉴定Peak及各比较组差异Peak均进行了基因区域注释及图片可视化，进一步，可以使用云工具“CUT&Tag注释图”进行Peak注释图片的个性化修改，包括：
1）将不同范围的promoter区进行合并，或仅保留Promoter、Exon、Intron、Distal Intergenic这些经典基因组功能区域分类；
2）修改可视化展示类型，支持常规饼图、3D饼图、环图，满足多元性需求；
3）细节优化，支持图片中的字体大小、颜色设置和图片大小调整等，让您的图表更加美观专业。

图1 云工具CUT&Tag注释图绘图参数调整页

图2 云工具CUT&Tag注释图结果示例

CUT&Tag富集分析：揭示基因功能与代谢通路变化

通过CUT&Tag注释图可展示目标蛋白基因结合区域分布，而CUT&Tag富集分析工具则可通过对这些结合位点注释到的基因进行GO（Gene Ontology）和KEGG pathway功能富集分析，揭示蛋白质结合位点所调控的关键生物学功能、信号通路及疾病关联。

图3 云工具CUT&Tag富集分析操作界面

通过景杰生信云平台的CUT&Tag富集分析工具，您可以实现在以下情形下的分析需求：
1）自定义一个基因集（仅支持gene Symbol），对该基因集进行功能富集；
2）对参与富集的Peak注释基因按照类别进行筛选（如选择promoter、exon、intron、distal等）后进行功能通路富集分析；
3）调整气泡图与条形图中展示显著富集通路的阈值，推荐qvalue<0.05；
4）重新富集结果可进一步使用“CUT&Tag富集图”（上次推文链接）进行图形优化。

CUT&Tag富集分析-结果说明

分析结束后点击结果下载，可同时得到GO和KEGG富集结果文件夹，以KEGG富集结果文件夹为例，文件夹中包含：
1）KEGG所有富集结果表，可作为“CUT&Tag富集图”输入文件进行图形优化；
2）经过富集结果显著性阈值筛选后的富集通路条形图（如显著富集通路大于20条，则仅展示按qvalue升序排列后的top20通路）；
3）经过富集显著性阈值筛选后的富集通路气泡图（如显著富集通路大于20条，则仅展示按GeneRatio降序排列后的top20通路）；

图4 云工具CUT&Tag富集分析结果示例

免费注册，开启科研新旅程

看到这里，如果您对景杰云平台的CUT&Tag分析工具感兴趣，欢迎注册景杰生信云平台（https://www.ptm-biolab-css.com.cn/cloud/cloudTool），在这里，您将享受到全平台几十种工具（云工具）、教程视频（云课堂）、解读文档（云资源）全部免费使用的特权，工具中附带详细使用教程，让您轻松上手。同时，使用过程中的各种问题都有我们的客服助手小哥哥在线解答，确保您的科研之路畅通无阻~