抗体测序：生物药开发的“序列解码器”

工业蛋白组何慧敏 2026-06-05 11:08

单克隆抗体药物已广泛应用于癌症、自身免疫病、感染性疾病等领域。然而，抗体药物的有效性和安全性高度依赖于其氨基酸序列的精准性——尤其是可变区的微小突变，可能导致亲和力丧失、免疫原性升高，甚至治疗失败。

在抗体药物的研发、生产及质控过程中，序列确认是不可绕过的一环。传统方法（如Edman降解、PCR测序）存在通量低、无法检测复杂修饰、难以分析混合组分等局限。如何实现100%氨基酸序列全覆盖、高精度、可重复的抗体测序，成为生物药行业的核心需求之一。

图抗体结构

基于质谱的抗体测序技术：精准、全面、可靠

基于高分辨质谱的抗体测序技术，通过多种酶切策略获得重叠肽段，经质谱采集后进行de novo测序，结合AI算法拼接组装，最终获得完整的抗体氨基酸序列。

核心技术优势：

100%序列覆盖：不依赖已知模板，可解析全新抗体序列；
修饰位点精准定位：同时鉴定糖基化、氧化、脱酰胺等翻译后修饰；
异质性分析：可区分序列变异体、同种型及CDR区差异；
无需杂交瘤：直接对纯化抗体蛋白进行测序。

值得一提的是，除了抗体测序，景杰生物还可以提供重组纯化抗体以及测定抗体的亲和力服务，全链条服务以充分保障数据的完整性和可靠性。

图抗体测序流程图

抗体测序技术的应用场景

场景一、重组蛋白、多肽、工业酶、抗体等蛋白序列测定

在生物制药、合成生物学及工业酶制剂领域，获得目标蛋白的精确氨基酸序列是最基础的核心需求，无论是用于分子确认、结构表征、专利保护，还是指导工程化改造。然而，许多重组蛋白为全新设计或来源于未完全注释的物种，无参考基因组或cDNA序列可用，传统Edman降解法仅能测N端30-50个氨基酸，无法获得内部或C端序列；同时，表达纯化过程中蛋白可能发生断裂、截短、错义突变，导致活性下降，而多肽类药物还需确认二硫键配对等精细结构。

基于高分辨质谱的抗体测序技术，不依赖任何已知数据库，可直接从头测序获得100%全长氨基酸序列，同步鉴定氧化、脱酰胺、糖基化等修饰以及非预期的突变或截短，为生物类似药的反向测序、专利申报和工程化改造提供不可替代的“分子身份证”。

场景二、抗体药物生产过程中的分子序列确认

在抗体药物的研发与生产中，从基因合成、细胞株构建到商业化批次放行，确认抗体分子（尤其是可变区）序列与设计一致是质量控制的核心环节，也是IND/BLA申报的法规硬性要求。实际生产中，CHO细胞长期传代可能发生基因突变或重排，纯化、制剂过程可能引入脱酰胺、氧化甚至断裂，导致低频突变（低于5%）或N/C端缺失，传统基因测序无法反映翻译后修饰及翻译错误，肽图分析依赖已知数据库对未知突变漏检率高，完整分子量测定仅能提示偏差而无法定位。

抗体测序技术直接对最终蛋白产物进行测序，100%覆盖轻链、重链及CDR区，可检出低频序列变异体，支持工艺变更时的可比性研究、异常批次调查（如效价下降时排查关键氨基酸突变），并能为生物类似药开发提供原研药的完整可变区序列及修饰谱，是保障抗体药物批次一致性、安全性和法规合规性的关键工具。

案例分享

图抗体测序及重组表达验证案例

该抗体测序案例将抗体B酶解后的片段进行质谱检测，首先是进行质控，从结果可以看到，无论是总二级谱图数还是平均置信区间（Average Local Confidence，ALC）>50%谱图值均满足检测和分析要求。接着通过质谱检测全局的肽段信息，进行de novo测序和AI算法拟合拼接生成完整氨基酸序列，实现抗体100%全覆盖序列检测。获得抗体B序列后，重组纯化验证其效价与标准品一致，进一步证实抗体测序的准确性和抗体的有效性。

景杰生物作为蛋白质组学驱动精准医学领域的领军企业，在行业内率先推出高灵敏度和高准确度的4D蛋白质组学、10X Proteomics、修饰组学技术，相关业务包含：MHC免疫多肽组学检测、PROTAC分子降解图谱分析、药物靶蛋白解析、共价药物靶向半胱氨酸位点分析、靶蛋白相对/绝对定量、生物标志物鉴定、蛋白质组/翻译后修饰组学分析和抗体测序及表达等。截至目前，已与国内外多个大型药企合作，科研项目成果接连见刊于Cell、Nature、Cancer Cell、Cell Research等国际顶尖杂志，涵盖医学、动植物学等各领域。欢迎各位老师前来咨询！

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