人物专访 | 牛津大学Roman Fischer：探索临床蛋白质组学分析的第四维度

Roman Fischer：在技术方面，最大的突破之一是现在能够凭借高通量和高稳定方法每天对100个甚至更多的样品进行鸟枪法蛋白质组学研究，这是不久前才实现的一步巨大的变化。我们需要意识到，这消除了一个瓶颈但又创建了另一个瓶颈，例如人们如何处理如此大数量的生物样本以及进行数据分析。由于仪器分析增加了通量和稳定性，我们必定会看到更多使用蛋白质组学作为主要判断依据的临床研究，虽然这项研究早就应该进行了。

Roman Fischer：在之前的研究中，我们从单个细胞系中生成近14000个蛋白质的深度蛋白质组，而我们获得数据中的亮点在于，随着序列覆盖率显著提高，我们可以将蛋白质组拆分为具有独特性的蛋白质。在这项实验之前，人们已经成功尝试了多种酶对蛋白质进行酶解，但是我们仅使用2种酶（胰蛋白酶和弹性蛋白酶），仅用了75个小时的仪器时间就成功做到了这一点。

Roman Fischer：许多DIA和数据库方法都将保留时间和质量用于匹配算法。这些技术可能会在复杂样品分析中遇到具有相似保留时间和相似分子量的异构肽，从而导致蛋白质鉴定和定量信息不准确。离子淌度提供的额外维度则可以有效地避免相似数据导致的误差，这不仅可以更好的检测出临床样品中更多的蛋白质，还可以减轻蛋白质组学数据中缺失值的问题。使用TIMS/PASEF方法，我们可以有效地识别并定量分析样品中的更多蛋白质组分，从而增加了患者检测样品中变化的成分。