Cell Death Differ | 水生所肖武汉组揭示p53琥珀酰化调控DNA损伤响应机制

景杰学术 | 报道SIRT5是组蛋白去乙酰化酶HDACs家族第三类Sirtuins中的一员, 与家族其他成员

邹文安邹文安2025-07-02
Cell Death Differ | 水生所肖武汉组揭示p53琥珀酰化调控DNA损伤响应机制
景杰学术 | 报道

SIRT5是组蛋白去乙酰化酶HDACs家族第三类Sirtuins中的一员, 与家族其他成员不同,它具有极低的去乙酰化酶活性,却可以调控三种新型赖氨酸酰化修饰--琥珀酰化、丙二酰化和戊二酰化。SIRT5的重要的调控功能吸引了科学家广泛的关注,在既往的研究中发现了SIRT5在调控肿瘤代谢[1]、巨噬细胞代谢、炎症反应[2]等领域的新功能。2020年4月,中国科学院水生生物研究所肖武汉研究员团队在The EMBO Journal(IF=11.598)上发表研究成果,揭示SIRT5通过琥珀酰化修饰抑制细胞抗病毒先天免疫反应的新机制[3](点击查看详细解读)。

p53是一种经典的肿瘤抑制因子,超过80%的人类癌症病例涉及到p53的突变和失活。它通过诱导细胞周期阻滞、衰老和细胞凋亡来介导细胞对各种压力的反应,从而维持基因组的稳定性。翻译后修饰 (PTMs) 被认为是调节p53活化的最有效方式。例如北大医学院赵文会组报道p53的3-羟基丁酰化修饰(Kbhb)导致其乙酰化修饰水平降低,下游基因 p21和PUMA表达减少,减弱其肿瘤抑制功能[4]。SIRT5是否及如何调节p53的功能机制尚不清楚。

2021年10月12日,肖武汉研究员团队在国际专业学术期刊Cell Death and Differentiation(IF=15.828)上发表最新研究成果,首次报道发生在p53上的琥珀酰化,并揭示了DNA损伤后,SIRT5介导p53蛋白K120位点去琥珀酰化,抑制p53激活和细胞凋亡。景杰生物为该研究提供了蛋白质琥珀酰化修饰泛抗体(PTM-401)。


1. SIRT5抑制p53靶基因表达以响应DNA损伤

研究人员首先探究了p53是否受SIRT5影响,结果表明SIRT5可以抑制p53的转录活性。SIRT5过表达抑制p53靶基因p21、PUMA、TIGAR、MDM2、PIG3和SFN的表达。进一步的mRNA表达分析和WB结果显示,DNA损伤应激条件下,SIRT5过表达显著抑制p53靶基因p21、PUMA、TIGAR和MDM2的转录水平以及p21和TIGAR的蛋白水平。由此说明,SIRT5抑制p53靶基因表达以响应DNA损伤。通过比较完整SIRT5和缺失SIRT5的HCT116细胞在用5-FU处理后的凋亡比率。流式结果显示,在SIRT5缺失的HCT116细胞中检测到更多的凋亡细胞,表明DNA损伤应激条件下,SIRT5可抑制p53的转录活性和细胞凋亡。

图. HCT116细胞中SIRT5抑制p53靶基因表达以应对DNA损伤

2、p53 K120去琥珀酰化抑制p53转录活性

研究人员进一步探究SIRT5是否通过琥珀酰化抑制p53活性。质谱分析确定了p53上的琥珀酰化位点K120,并证实SIRT5可以诱导该位点发生去琥珀酰化。通过构建突变体分析,发现过表达SIRT5导致WT p53活性显著降低,但对p53-K120R突变体的活性没有明显影响,这表明SIRT5通过催化p53的K120去琥珀酰化来抑制p53转录活性。

图. p53 K120位点发生琥珀酰化修饰

3、SIRT5抑制p53在其靶基因启动子上的富集


鉴于K120位于p53的DNA结合域内,并且SIRT5不影响p53-K120R活性,研究人员试图确定在响应DNA损伤时,SIRT5是否会影响p53靶基因启动子中的p53富集。qRT-PCR和ChIP分析揭示,SIRT5缺失的HCT116细胞中,p53在p21、PUMA、BAX和MDM2的启动子中显著富集,这表明p53琥珀酰化可促进p53与p53靶基因启动子的结合,而SIRT5介导的p53 K120处去琥珀酰化则会削弱p53在其靶基因启动子中的富集,从而抑制p53转录活性。

图. SIRT5可抑制p53在其靶基因启动子上的富集

4、DNA损伤后p53靶基因表达和细胞凋亡的抑制依赖于细胞p53


最后,研究人员利用双敲除小鼠(p53-/-Sirt5-/-)实验观察到,p53缺失的情况下,SIRT5缺失对p53靶基因的表达和细胞凋亡没有显著影响,证实DNA损伤后,SIRT5对p53靶基因表达和细胞凋亡的抑制确实由p53介导。并通过电离辐射 (IR) 激发,末端脱氧核苷酸转移酶dUTP标记(TUNEL)染色分析其睾丸、脾脏和肠道,肝脏作为阴性对照,进一步验证了SIRT5对p53功能的影响。

图. DNA损伤应激条件下Sirt5缺失促进细胞凋亡

总的来说,该研究首次报道了p53上的琥珀酰化对其活性的调节,利用质谱鉴定揭示,DNA损伤后,SIRT5介导p53 K120位点去琥珀酰化,从而抑制p53活化和细胞凋亡。此外,利用双敲除小鼠(p53-/-Sirt5-/-)验证了DNA损伤时SIRT5对p53靶基因表达的抑制和细胞凋亡依赖于细胞p53。

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参考文献
  1. Xin Yang, et al., 2017, SHMT2 desuccinylation by SIRT5 drives cancer cell proliferation. Cancer Research.
  2. Fang Wang, et al., 2017, SIRT5 Desuccinylates and Activates Pyruvate Kinase M2 to Block Macrophage IL-1β Production and to Prevent DSS-Induced Colitis in Mice. Cell Reports.
  3. Liu X, et al., 2020, SIRT5 impairs aggregation and activation of the signaling adaptor MAVS through catalyzing lysine desuccinylation. EMBO reports.
  4. Kun Liu, et al., 2019, p53 β-hydroxybutyrylation attenuates p53 activity, Cell Death & Disease.
  5. Liu X, et al., 2021, Repression of p53 function by SIRT5-mediated desuccinylation at Lysine 120 in response to DNA damage. Cell Death & Differentiation.

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