手把手教你做蛋白互作网络图

景杰学术/分享

上周小编跟大家分享了如何用Excel做成火山图（点击阅读），是不是能满足各位的需求呢？近期，陆续又收到很多粉丝来信，建议小编整理一份蛋白互作网络的教程。

所以，本期将为教程的第一课，先带大家熟悉一下作图的整个流程。Let's do it！

①做蛋白互作网络分析需要用到的是一个叫“STRING”的在线软件（https://string-db.org/），点击链接进入网页。

②如果是需要做列表中已有蛋白之间的互作，我们就点击图中红框圈出的“Multipleproteins”，然后对应的右侧部分展示如下图。

注意：“Multipleproteins”适用于做STRING数据中已有物种的蛋白互作分析.

③列蛋白：把需要做互作分析的蛋白编号/基因名在本地Excel表中列成一列，然后复制粘贴到上图“List ofName”中，或者是作为附件上传。

④Organism设置：输入物种名，或者点击倒三角下拉查找目标物种，选择确认，点击“SEARCH”，进入跳转页面。

⑤CONTINUE生成网络：把页面拉到最底下，点击“CONTINUE”，进入跳转界面。

注意：在跳转出来的网页上端也会有“CONTINUE”，但是最好把网页下拉到最底下，因为蛋白数目多时可能全部信息展示不全。

⑥设置导出网络的参数：如下图所示点击“Settings”，红色框出部分为网络可信度设置，一般用于文章发表的confidence需要设置为0.7（表示>0.7），其余参数按图中默认，然后点击“UPDATE”确认参数设置。

注意：设置完参数后一定要记得点击“UPDATE”，否则输出的网络依然是默认参数。

⑦导出蛋白互作结果：download“TSV文件”。如果只需要STRING生成的原始网络语，可以选择图中PNG文件下载。

①cytoscape软件用于赋予网络属性，包括网络节点大小，颜色以及排布的方式等等，大家可以根据自己的喜好进行调整。大家可以从网上下载到cytoscape软件，目前最新版是3.7.1。

②整理属性文件：最主要的信息一般为蛋白编号，基因名和差异表达类型。如果是修饰组项目，需要有蛋白修饰位点个数。

注意：因为STRING数据库中产生的网络节点默认为基因名，所以属性文件中必须要有基因名。

③导入文件：在打开的cytoscape软件左上角，找到红色和绿色箭头所指的符号。点击红色箭头所指导入“TSV”文件，在弹出的对话框上点击“ok”；点击绿色箭头所指导入属性文件，在弹出的对话框中选择“Genename”点击“钥匙”符号，最后“OK”。

④网络属性设置：属性参数有很多，可以根据自身需求设置，下面举几个简单的例子。

Fillcolour：通常是依据蛋白的“Regulatedtype”设置颜色，比如“Up设为红色，Down设为绿色”。

如果颜色需要设置为渐变色的，需要在属性表中整理有蛋白差异表达的“Ratio”，然后选择“Ratio”作为依据给色。一般为了呈现正态分布，更多会以“Log2(Ratio)”作为依据给色。

⑤MCODE分析：点击软件上方“Apps”→“MCODE”→“Open MCODE”→“Analyze CurrentNetwork”，生成MCODE网络，“CreateCluster Network”单独展示。

点击软件上方“Layout”→“Circular Layout”，可以将默认的MCODE网络进行排布，比如呈圆形，这样可以提高网络的美观性。

⑥导出图和表：点击“Tools”选择“NetworkAnalyzer”→“Network Analysis”   →“AnalyzeNetwork”，选择图中默认选项“OK”。这一步可以分析得到蛋白之间互作的连接线数目“Degree”。

点击软件界面左上角“File”，选择导出图片形式，在跳转出的对话框里可以选择导出的图片格式，有PDF等。选择“Tableto file”导出图中“String_interactions.tsvdefault node”表。

从cystoscape软件中导出PDF格式或者SVG格式，可以用于在AI中进行再编辑。

①添加网络图图注：从AI中打开蛋白互作网络图，在图上画一个矩形框，然后对矩形框进行参数设置。其中RGB颜色可以根据cytoscape中的查到，图注上的区间根据Log2(Ratio)值范围确定。

以上就是小编给大家整理的蛋白互作网络教程V1.0，由于软件里小修小改的地方很多，可能大家在跟着文字截图学习时会遇上不少困难，所以小编决定后续推出录屏版教程，这样大家可以边看视频边本地学习，提升学习效果。此外，网上也有很多学习教程，大家有兴趣的可以摸索摸索。

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