修饰组学知多少（一）——乙酰化修饰组学的秘密武器

众所周知，蛋白质翻译后修饰极大地影响了蛋白质功能。应用蛋白质谱技术配合修饰富集手段，能够尽可能多的鉴定和定量到样本中的修饰蛋白与发生修饰的位点，是研究蛋白质修饰组学不二法门。不同的修饰所采用的富集方法各有不同，其中运用高特异性的泛抗体偶联树脂产品实现的修饰富集方法是大多数修饰组学类型的主流手段。

从今天开始，小编将连续几期为大家带来景杰生物（PTM BIO）抗体类产品——修饰泛抗体偶联树脂在蛋白质修饰组学中的介绍。希望通过我们的介绍让大家了解PTM BIO修饰树脂产品，更好的服务于修饰组学实验。今天将为大家带来的是乙酰化组学中的秘密武器赖氨酸乙酰化修饰泛抗体偶联树脂（PTM-104）。

早在2006年，研究者首次利用赖氨酸乙酰化抗体（anti-Kac antibody）亲合富集乙酰化多肽与蛋白质谱结合，在人源HeLa细胞和小鼠肝脏线粒体中鉴定了近200个发生乙酰化修饰的蛋白【1】。自此以后，这种利用抗体IP富集修饰多肽与蛋白质质谱结合的方法已经成为研究蛋白质乙酰化等修饰组学的常规方法。

图1 泛抗体结合蛋白质谱鉴定修饰蛋白简单流程

其中不同的修饰组学主要是所使用的修饰多肽富集方法不同，在检测过程中，所应用的乙酰化修饰泛抗体偶联树脂的质量极大地决定了乙酰化组学的成功率！

景杰生物（PTM BIO）依托自有的高质量抗体开发平台，独立开发生产的乙酰化泛抗体偶联树脂PTM-104就是在乙酰化修饰组学应用中大放异彩的秘密武器了。

那么PTM-104具有怎样的特点和效果呢，我们将从以下几个方面为大家进行详细介绍：

PTM-104树脂上偶联的泛抗体

景杰生物（PTM BIO）所开发的乙酰化泛抗体偶联树脂PTM-104混合偶联了高质量的乙酰化兔多克隆泛抗体PTM-105，以及多个乙酰化单克隆泛抗体如PTM-101等，充分保证PTM-104对乙酰化位点识别的特异性与无差别筛选的特性。泛抗体在应用于PTM-104的制作前均通过了严格的质控检测，包括Western Blot检测和Dot blot检测（图2）。

图2：PTM BIO抗体的质控检测

左：PTM-101乙酰化泛抗体dot blot检测，右：PTM-101与PTM-102在hela细胞全蛋白的WB实验

此外，关于PTM BIO的乙酰化泛抗体的应用文献已超过100篇，其应用包含WB、IP、IF等（部分抗体运用成果可点击：PTM BIO 2019年抗体应用文献摘要解读（春季篇））。如青岛农业大学梁文星教授Nucleic Acids Res上报道的工作【2】，应用PTM BIO乙酰化泛抗体验证了RNase II蛋白乙酰化水平变化（图3）。

图3 应用PTM BIO乙酰化泛抗体验证RNase II蛋白乙酰化水平变化

又如洛克菲勒大学David Allis教授发表在Molecular cell上的文章【3】，应用PTM-105乙酰化修饰泛抗体验证重组蛋白H3与H4在添加AcCoA及不同酶的催化下乙酰化水平变化的差异（图4）。

图4 PTM-105乙酰化修饰泛抗体运用成果

PTM-104树脂用量与效率

依赖于PTM BIO高质量的乙酰化修饰泛抗体，PTM-104在乙酰化修饰组学中的应用能够以较少的多肽用量实现理想的乙酰化修饰鉴定覆盖度。部分PTM-104乙酰化修饰组学应用文献鉴定位点与深度如下表：

一般的，我们推荐2mg多肽起始量使用20ul PTM-104乙酰化泛抗体偶联树脂进行乙酰化修饰多肽富集。PTM BIO所提供的PTM-104乙酰化泛抗体偶联树脂分为0.5ml大包装与0.1ml小包装，其中大包装可供使用12次，小包装可供2-3次修饰多肽富集（具体可参见官网说明书）。

PTM-104树脂的高效偶联与配套试剂

抗体与树脂的偶联方法与IP过程中使用的各种buffer，对于树脂使用的最终效果至关重要。在修饰组学富集过程中，既要保证抗体的活性，还要保证在多次清洗与洗脱过程中，抗体不会脱落，影响后面的质谱分析。景杰公司这几年通过不断的摸索、测试与优化，目前使用的偶联方法及buffer系统，抗体脱落的比例小于1%。我们推荐运用PTM-104的研究者参考2012年发表于MCP上关于SIRT1乙酰化修饰组学文章中的富集方法【4】。

此外，也可以向我们购买PTM-104的Kit版产品PTM-104K乙酰化修饰富集试剂盒（图5），其包括PTM-104乙酰化泛抗体偶联树脂以及相应的抗体亲和富集预制Buffer，能够更为有效且简易的进行乙酰化修饰富集实验。

图5：PTM-104K乙酰化修饰富集试剂盒

（点击阅读原文查看PTM-104K说明书）

相信经过以上介绍，大家对于乙酰化修饰组学中修饰多肽富集和我们的明星产品PTM-104乙酰化修饰泛抗体偶联树脂有所了解。如果你也有即将进行的乙酰化修饰组学需求，欢迎随时联系我们咨询订购。

景杰生物

PTM BIO

       景杰生物是蛋白质修饰抗体开发的开拓者与领跑者，目前共独立开发出>20种蛋白质修饰类型泛抗体以及超过200种组蛋白修饰抗体。所推出PTM BIO系列修饰抗体均进行了最严格、最全面的交叉检验，确保了不同修饰类型抗体的高特异性与高灵敏度。所生产蛋白质修饰类抗体广泛应用于世界各著名大学、研究机构与药物研发中心并见诸高水平生物医学期刊论文应用。

参考文献：

1. Sung Chan Kim, et al., 2006, Substrate and Functional Diversity Resource of Lysine Acetylation Revealed by a Proteomics Survey. Molecular Cell.

2. Limin Song, et al., 2016, Reversible acetylation on Lys501 regulates the activity of RNase II. Nucleic Acids Res.

3. Benjamin R. Sabari, et al., 2015, Intracellular Crotonyl-CoA Stimulates Transcription Through p300-Catalyzed Histone Crotonylation. Molecular Cell. 

4. Chen Y, et al., 2012, Quantitative acetylome analysis reveals the roles of SIRT1 in regulating diverse substrates and cellular pathways. Mol Cell Proteomics.