景杰学术/精选
蛋白质赖氨酸的乙酰化修饰及其功能的研究是近十年内蛋白质翻译后修饰的热点之一。除乙酰化修饰之外,近几年来,先后有丙酰化、丁酰化、巴豆酰化、琥珀酰化、丙二酰化、2-羟基异丁酰化、3-羟基丁酰化、戊二酰化、苯甲酰化等9种酰化修饰陆续被发现并报道。这些蛋白质酰化修饰广泛参与表观遗传调控,代谢途径调控和生殖发育等重要的生物学过程,极大加深了我们对蛋白质翻译后修饰的认识。
除了组蛋白上发生这些酰化修饰外,非组蛋白上酰化修饰的发现也逐渐揭示出蛋白质翻译后修饰对生命活动调控的广泛性与多样性。景杰生物应用独家的修饰泛抗体开发平台,现共有针对20余种修饰类型的抗体可供选择(更多抗体详见景杰生物官方网站)。
选择哪一种修饰进行相关研究,或者说想了解关心的生物学现象与那种修饰相关,是我们在进行如:蛋白质修饰组学、修饰ChIP实验或修饰IP实验之前需要进行认真论证,严谨筛选的。
一般来说,首先我们会根据已报到文献,了解所研究的科学问题是否有类似的工作报道,可能与哪种修饰相关:比如生殖发育方面,可能是巴豆酰化比较相关;又如糖尿病方面,可能丙二酰化的影响占较大的因素等。在此,小编将现在几种修饰已经报道的相关研究方向罗列出来,供各位参考(表1)。更加具体的内容还需要大家饱读文献,方知究竟。
此外,我们也可以通过实验的方法,对于待测样本,提取蛋白后跑SDS-Page,利用不同种类的修饰泛抗体分别进行Western Blot实验,通过比较Western Blot实验中样本之间修饰信号水平的差别,研究者可以初步确定,哪种修饰在所关心的科学问题(如野生型vs突变体,实验组vs对照组,健康vs疾病等)存在较为明显的差别,进而可以就该类修饰开展后续的研究,目前已有很多研究者通过修饰泛抗体Western Blot预实验,确定修饰组学或其他后续实验方向,发现新的研究思路。
图1:研究者应用修饰泛抗体筛选在wt小鼠和糖尿病模型小鼠肝脏组织中蛋白不同修饰的Western Blot实验,发现丙二酰化(malonylation)差异变化最为明显(Yipeng Du, et al., MCP. 2015)
图2:研究者应用修饰泛抗体筛选,比较了Sirt5基因敲除小鼠不同器官蛋白修饰变化水平,发现敲除小鼠心脏蛋白上琥珀酰化修饰水平变化最为明显,并开启下游组学研究(Sushabhan, et al., PNAS, 2016)
景杰生物是蛋白质修饰泛抗体开发的开拓者与领跑者,目前共独立开发出>20种蛋白质修饰类型的泛抗体以及超过200种组蛋白位点修饰抗体,每种抗体均通过严格的生产流程与内部质控测试,保证抗体质量。
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多克隆抗体(通常是兔源)和单克隆抗体(鼠源,兔源都有)是常见的科研用抗体,两者各有优劣,需要在不同的应用场景选择单抗或者多抗。
顾名思义,多克隆抗体是多种抗体分子的混合物,可以识别抗原上多个部位(即抗原表位),一定程度上放大检测信号。科研中,要是碰到丰度低不易检测的内源蛋白质或者蛋白上的修饰,多抗的放大作用会更容易显示出信号。也因为多抗识别多个抗原表位,某一抗原表位的破坏不会造成整个检测信号的丢失,定性检测的结果更为稳定。
单克隆抗体在批次稳定性,识别特异性,还有定量检测上都有无可比拟的优势。单抗仅含单一的抗体成分,相应的识别抗原上的唯一抗原表位。值得一提的是,混合单抗(cocktail antibodies)在延续了单抗稳定又特异的优势基础上,又能够识别多个抗原表位,检测结果的稳定性和重现性好。
有调查结果显示,公开的研究成果中还是以使用多克隆抗体的居多,这是因为早期的抗体开发以多抗为主,相应的研究引文积累较多。现今单克隆抗体也逐渐丰富并为研究者接受和喜爱。近些年来,越来越多的针对组蛋白特异位点特定修饰的单抗,可以在ChIP,IP实验中很有好的表现和引用率。景杰生物针对组蛋白修饰密码开发了世界上种类最为丰富的修饰性抗体,单抗多抗任君选择。
经过以上介绍,想必大家对于应用修饰泛抗体的修饰筛选思路以及抗体选择有所了解。如果你有即将进行研究需求,欢迎随时联系我们咨询/订购。
参考文献:
Du Y, et al. Lysine malonylation is elevated in type 2 diabetic mouse models and enriched in metabolic associated proteins. Mol Cell Proteomics. 2015;14(1):227-36
Sadhukhan S, et al. Metabolomics-assisted proteomics identifies succinylation and SIRT5 as important regulators of cardiac function. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113(16):4320-5
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邹文安