推荐 | 植物科学研究常用数据库与网站

综合

NCBI (National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心，包括植物在内的众多生物的核酸序列信息，是分子水平上研究生物的必备网站

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 

综合

Phytome是一个比较基因组学数据库，用于植物功能基因组学、分子育种和进化研究,还可进行基因/蛋白家族的查询下载

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

综合

Plant Ontology(PO)数据库包括数个植物数据库系统，可以搜索植物的器官结构、不同发育时期的信息

http://www.plantontology.org

综合

PlantGDB是一个植物基因组序列数据库

http://www.plantgdb.org/

综合

PlantCARE：植物启动子序列分析

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 

综合

BarleyBase：在线的植物芯片数据及分析平台，同时提供基因的功能注释，蛋白功能区域预测、代谢途径及基因家族信息，与PLEXdb 和PlantGDB的信息相联

http://www.barleybase.org/ 

定位

TargetP 1.1 Server ：亚细胞定位预测

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ 

定位

CropPAL1：crop Proteins with Annotated Locations (cropPAL) 包括12种作物亚细胞定位

http://croppal.org/

蛋白质

SMART Server：蛋白保守结构域预测

http://smart.embl-heidelberg.de/

蛋白质

SWISS-PROT：目前国际上比较权威的蛋白质序列数据库。对蛋白质序列进行了注释，包括蛋白质的结构域、功能位点、跨膜区域、二硫键位置、翻译后的修饰、突变体等信息

https://www.uniprot.org/uniprot/

蛋白质

PDB：目前最主要的蛋白质分子结构数据库，提供蛋白的以及结构和二级机构

https://www.rcsb.org/pdb

蛋白质

Prosite：基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守区域

https://cn.expasy.org/prosite

蛋白质

DSSP：蛋白质二级结构构象参数数据库

 https://ww.cmbi.kun.nl/gv/dssp/

蛋白质

FSSP：蛋白质家族数据库

https://ww2.emblebi.ac.uk/dall/fssp

蛋白质

HSSP：同源蛋白质数据库

https://ww.cmbi.kun.nl/gv/hssp/

转录因子

PLANTTFDB：植物转录因子数据库

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物-病原体

PLEXdb：植物和其病原体的基因表达数据库

http://www.plexdb.org 

植物-病原体

PathoPlant 是一个涉及植物与病原体之间相互作用的信号转导的相关物质成分的数据库

http://www.pathoplant.de

拟南芥

拟南芥基因组数据库

http://www.arabidopsis.org/

拟南芥

拟南芥转录因子数据库(DATF)

http://datf.cbi.pku.edu.cn

拟南芥

拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库

http://www.athamap.de/ 

拟南芥

SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）包含关于拟南芥蛋白的亚细胞定位数据

http://suba.live/

谷类作物

小麦、大麦、黑麦、燕麦的分子和表型信息数据库

http://wheat.pw.usda.gov

谷类作物

Gramene Database是一个各种作物基因组信息的数据库，同时具备高级的各基因组间的分析功能

http://www.gramene.org/

谷类作物

谷类作物信息数据库，该数据库包括了小麦、大麦、燕麦、黑麦和黑小麦等品种的遗传信息和遗传图谱

http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml

水稻

国家水稻数据中心

http://www.ricedata.cn/index.htm

水稻

水稻基因组注释计划

http://rice.plantbiology.msu.edu/

水稻

RiceFOX：水稻过表达拟南芥全长cDNA突变体数据库

http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop

水稻

RMD：水稻突变体数据库

http://rmd.ncpgr.cn/

水稻

RiceGE：Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因组表达数据库

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE 

玉米

MaizeGDB：玉米基因组信息数据库

http://www.maizegdb.org/

小麦

IWGSC：小麦基因组信息数据库

http://www.wheatgenome.org/

茄科物种

茄科物种基因组测序数据库，包括西红柿、土豆、辣椒、茄子、烟草、牵牛花等。数据库整合和扩展了数个表达谱数据库的信息

https://solgenomics.net/

工具

GSDS：画基因结构

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

实验技术类

Sigma Research Essentials能找到许多和有机试剂相关的分子生物学内容

http://www.sigmaaldrich.com/chemistry/stockroom-reagents/learning-center/technical-library.html

实验技术类

Beckman Calculator：离心机和离心力之间的换算，Beckman不同转子之间参数的互换

http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/references/gibco-cell-culture-basics.html

实验技术类

RUF：蛋白质凝胶电泳的常见问题分析

http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/sds-page/sdsgoofs.html

实验技术类

Bioprotocol Wiki：常见的分子生物学方法，在这里都能找到

http://openwetware.org/wiki/Main_Page

实验技术类

NEBcalculator：计算载体连接比例，酶切位点和buffer的选择

http://nebiocalculator.neb.com/#!/ 

实验技术类

Biomath Calculator：溶液稀释、溶液配制计算和核酸浓度的计算

http://www.promega.com/resources/tools/biomath-calculators/