干货分享！iGPS软件预测激酶分析

GPS（http://gps.biocuckoo.cn/）和iGPS（http://igps.biocuckoo.org/index.php），iGPS软件是基于GPS开发的高级版本，可以预测出磷酸化修饰位点潜在调节的激酶的蛋白。而GPS只能预测出磷酸化修饰位点潜在调节的激酶家族。iGPS软件相比于GPS需要更多的输入信息（蛋白互作网络数据库）。目前iGPS软件内置了几个物种的蛋白互作数据库。

我们首先点开iGPS网址，在DOWNLOAD界面下载适用电脑系统的软件版本，进行安装。

1/勾选需要预测的激酶类型；

2/在iGPS软件中可选择的物种目前只有五种，人/小鼠/果蝇/秀丽隐杆线虫/酵母，我们演示选用的物种是小鼠。同时将threshold设置为high，format设置为FASTA；

3/在输入框中（enter the data in phospep/ELM/FASTA Format）输入蛋白fasta序列；

4/点击右下角Submit开始分析；

5/matched ID表示我们输入的FASTA序列在数据库中匹配到的蛋白ID，peptide表示数据库中设定的修饰肽段，保留的是上下游7个氨基酸；

6/interaction表示互作数据库，predictor表示激酶家族；

7/点击network可以生成网络图；

8/导出预测的结果表，File→Export Result。

结果中的前半部分是在线软件呈现的预测结果

后半部分是网络互作关系表，Protein A表示激酶，protein B表示激酶调控的底物。

用cystoscape打开这个表格可以重新绘制激酶底物互作网络图。

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