报道/景杰学术

在往期的推送中，小编介绍了两种上传组学原始数据的数据库，分别是Pride和iProx。

投稿前你需要知道的一件小事，如何上传组学原始数据？

干货分享，iProX数据库上传指南

今天小编介绍另外一种上传原始数据的网站MS-Viewer，这是加州大学研发的一个数据存储的网站，同时也是在投稿MCP杂志时较为推荐的一种数据上传方式。

 

一、上传数据

1、准备所用数据：

从Maxquant软件搜库原始数据combined\andromeda中下载.apl文件，压缩为.zip格式；同时，从combined\txt文件中选择msms.txt文件。

 

 

 

2、打开网址，准备上传。按要求导入apl文件和txt文件后，设置参数：

http://msviewer.ucsf.edu/prospector/cgi-bin/msform.cgi?form=msviewer

 

Results File Format：Maxquant

Constant Mods：Carbanidomethyl（C）

Frag Tol：0.02

Instrument：ESI-Q-high-res

 

 

3、点击“Upload New Results”；等待上传；

点击“ Display and Parameter Settings”前面的“+”号，展开

“Save settings”—“Rgenerate Report”。

上传成功后保存好给出的信息。

 

二、查看数据、谱图

1、登陆

http://msviewer.ucsf.edu/prospector/cgi-bin/msform.cgi?form=msviewer

2、输入上面获得的Search Key：点击“Get Existing Results”

3、从结果中选择肽段，点击即可得到谱图结果。

注明：A more amenable alternative to fulfill this requirement (especially for large datasets) is through deposition of spectra to MS-Viewer ( http://msviewer.ucsf.edu/prospector/cgi-bin/msform.cgi?form=msviewer ). You can simply upload the .apl files (zipped together) and msms.txt files from the MaxQuant analysis output. Upon successful upload, a unique search key will be generated, which will need to be included in the manuscript.

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