专访Hannes Röst教授：新一代4D-DIA技术在人体蛋白质组研究中的应用

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2019年，全球蛋白质组领域顶尖科学家Matthias Mann教授团队( Max Planck Institute, Martinsried)、Ruedi Aebersold教授团队（IMSB at ETH Zuerich）、Hannes Röst博士团队(University of Toronto)以及Ben Collins博士团队（Queen’s University Belfast）联合布鲁克共同开发基于4D平台的DIA技术——dia-PASEF^®。（研究成果在预印本网站bioRxiv发表并在第18届人类蛋白质组组织世界大会上（HUPO2019）展示，查看详细解读：双剑合璧全新一代4D-DIA）

依托于dia-PASEF^®技术的4D-DIA蛋白质组，同时集合了4D蛋白质组和DIA技术的优势，并克服了其原有的一些劣势，能够全面提升蛋白质鉴定能力、检测灵敏度和数据完整性，具有划时代的重大意义。

近日，News Medical 针对采用4D-DIA技术（dia-PASEF^®）进行人类蛋白质组研究的问题，对Hannes Röst 教授进行了一次深入的采访。访谈中，Hannes Röst 教授详细介绍了他的实验室是如何采用 dia-PASEF^®技术监测人体蛋白质组变化，以及如何利用机器学习来分析数据。

Hannes Röst 博士毕业于苏黎世联邦理工学院 Ruedi Aebersold 教授实验室，他开发了OpenSWATH 软件用于分析非数据依赖性采集的蛋白质组学数据，显著提高了样本通量、定量蛋白数目、定量可靠性。Hannes Röst 在多伦多大学已组建了自己的研究团队，致力于探索新颖高效的质谱技术和多组学数据分析方法，并应用于系统生物学和个性化医疗领域。最新开发的 dia-PASEF^®技术中，Hannes Röst 教授团队开发的新型 Mobi-DIK 开源软件可利用保留时间、离子淌度、m/z 和离子丰度进行四维对齐，具有优越的定量准确性。

视频：Hannes Röst 教授报告@ASBMB 2019

采访中，为了使大家对4D-DIA技术（dia-PASEF^®）的应用和发展有更直观的认识，Hannes Röst 教授详细介绍了目前他的团队正在开展的多项研究工作。

采用 4D-DIA技术进行大规模临床样本的定量蛋白质组研究，并针对不同时间点收集的同一病例样本进行回溯性分析，寻找与病程相关的分子信号通路，期望为疾病诊断、个体化医疗提供线索。
与 Max Plank 生物化学研究所合作，采用 Machine Learning 的方法预测肽段的碰撞截面积（CCS），并预测肽段的二级碎片，这样就可以产生肽段的四维理论谱图库，不需要在实验前必须通过实验建立谱图库。
4D-DIA技术产出四维数据（保留时间、离子淌度、m/z 和离子丰度），需要继续优化 Mobi-DIK 软件算法，提高数据分析的速度。

如果您对采访的更多细节感兴趣，可点击阅读原文跳转原页面阅读。

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